코로나19로 인해 대다수의 항공사가 노선을 운휴함에 따라, 마닐라국제공항공사는 현재 운항하는 모든 항공사들의 출도착 비행편들은 제 1터미널에 한 해 운영한다고 밝혔다.
 
따라서, 지난 3월 28일부터 아래 항공사의 경우, 마닐라 니노이 아키노국제공항 1터미널에서 출도착할 예정이다.
   
걸프에어, 대한항공, 아시아나항공, 중화항공, 홍콩항공, 에바항공, 일본항공, 제주항공, ANA항공, 케세이 퍼시픽, 카타르항공, 싱가포르항공, 로얄 브루나이항공 등이다. 다만 싱가포르항공과 로얄 브루나이항공의 경우, 지난 3월 29일부터 마닐라 행을 한시적으로 운휴에 들어갔다.

마닐라국제공항공사 최고 책임자인 에드 몬레알은 “해당 내용은 항공운항위원회와 아서 투가데 필리핀 교통부장관의 지침에 따라 마련되었으며, 공항 근로자의 코로나19의 노출 위험을 최소화함과 동시에, 공항을 효율적으로 운영하기 위한 방안이다”라고 입장을 밝혔다.
 
필리핀 국적기인 필리핀 항공의 경우, 지난 3월 25일 샌프란시스코 행 (편명: PR104)과, 로스앤젤레스 행 비행 편 (편명: PR102)을 운행했고, 27일 마닐라 니노이 아키노국제공항 도착편을 마지막으로 모든 국제선 운휴에 들어갔다.
 
한 편, 다음의 국내 항공사 및 외항사는 필리핀 출도착 항공편을 한시적으로 운항을 중단한다.
   
세부 퍼시픽, 필리핀항공, 에어 아시아, 델타항공, 유나이티드항공, 콴타스항공, 터키항공, 에미레이트항공, KLM, 에어 차이나, 에어 뉴기니아, 중국동방항공, 중국남방항공, 에티오피아항공, 젯스타 아시아, 쿠웨이트항공, 말레이시아항공, 사우디아라비아항공, 로얄 브루나이항공, 타이항공, 타이거 에어, 샤먼항공 등이다.
 
코로나19 감염병 예방을 위한 범정부 태스크포스 (IATF-EID)에서 항공을 통한 모든 국내 이동 금지를 결정하면서, 마닐라국제공항공사는 마닐라 니노이 아키노제 2터미널, 3터미널과 4터미널 국내선 운항을 금지한다.
 
마닐라국제공항공사는 격리 기간 동안, 마닐라 니노이 아키노공항의 제 1터미널에서만 이착륙이 가능하다는 점 또한 이미 전 세계의 조종사들에게 공지했으며 지속적으로 임시 항공편을 지원할 예정이라고 밝혔다. 필리핀 관광부와 필리핀 외교부 간 협의에 따라, 임시 항공편과 교민 수송 전세기의 경우 니노이 아키노공항 제 2터미널에 배정할 예정이다.