라탐항공은 운항 목적지의 현지 보건 당국, 세계보건기구(WHO), 국제항공운송 협회(IATA)가 권장하는 국제 안전 표준에 따라 승객과 직원의 안전을 최우선으로 안전과 보건 위생에 관한 조치를 재정립하고 비행절차 전 과정에 걸쳐 엄격하게 적용하고 있다.
 
항공기 탑승 전 승객들에게 안전과 관련된 지침을 이메일을 통해 안내하며 라탐항공의 모든 직원과 항공기에 탑승하는 승객들은 마스크 착용을 의무화하고 있다. 운항하는 모든 항공기에는 병원 수술실에서 사용되는 헤파(HEPA -High Efficiency Particular Arrestor) 필터가 장착되어 99.99 % 효율로 코로나19 바이러스를 포함해 공기 중의 먼지나, 박테리아와 같은 오염 물질을 걸러내는 역할을 한다. 또한, 기내 접촉을 최소화 하기 위해 기내식은 간소화 되고 기내 매거진 배포가 중단되며 담요는 바이러스 및 박테리아 제거를 위해 고온 세척과 소독이 진행된다. 비행기 내 표면, 화장실 등의 소독 작업을 정기적으로 진행하고 공항, 기내, 하기에 걸친 모든 과정에서 물리적 거리 유지를 엄격히 감독하고 있다.
 
한편, 라탐항공은 관련 국제 당국의 규제 완화 및 강화된 안전 조치와 함께 코로나19 상황으로 감소됐던 운항률을 점진적으로 확대해 나갈 계획이라고 발표했다. 9월 예상 운항률은 국제선의 경우 8월의 평균 운항률 6%에서 8%, 국내선의 경우 콜롬비아 운항 전면 중단에서 12%까지 확대, 페루 8%에서 12%, 칠레 13%에서 20%, 에콰도르 14%에서 25% 수준까지 운항률을 높일 예정이다. 다만 운항 계획은 목적지 정부당국의 규제 및 지침에 따라 변동 될 수 있다.